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A finales del 2003 el FMLN eligió a Schafik como candidato a la Presidencia de la República. Derrotando la campaña de terror y chantaje desatada por la derecha de chantajes, y la participación fraudulenta del imperio, mas de 812 mil personas votaron por Schafik en las elecciones de marzo del 2004,  quedando el FMLN, como lo afirmó Schafik,  “más enraizado que nunca en la conciencia de la gente”.

En 2005 fue electo en el FMLN como candidato a la primera diputación del Parlamento Centroamericano (PARLACEN) para las elecciones de marzo del 2006, manteniéndose como miembro del Consejo Nacional y de la Comisión Política del FMLN.

Falleció el 24 de enero del 2006 al regresar de Bolivia después de asistir como invitado especial de Evo Morales al acto de toma de posesión de la Presidencia de la República de Bolivia.
Schafik: su legado

Su participación en el nuevo periodo histórico de lucha social, política y electoral en particular es el legado de gran riqueza que nos dejó Schafik: entre otros: la definición de propuestas de programas gubernamentales, legislativos y municipales incluyendo las que hizo como candidato a Alcalde de San Salvador en 1994 y como candidato a Presidente de la República en las elecciones de marzo del 2004.

El legado de su pensamiento programático pasó por distintos momentos históricos: 1967-1977 lucha electoral de la UNO, (durante la etapa de la guerra fría) 1979-1990 propuestas de programa durante la etapa de la Guerra Popular Revolucionaria, 1990-1992 Programa de Negociación y cumplimiento de los Acuerdos de Paz, y 1993-2006 programas electorales presidenciales, legislativos, municipales.